W 1819 roku opuszczoną budowlę przekazano Głównej Szkole Inżynieryjnej, odtąd zamek nazywano Zamkiem Inżynieryjnym. W 1829 roku wnętrza dostosowano do potrzeb placówki edukacyjnej. W latach 1838–1843 w murach pałacu studiował Fiodor Dostojewski. Na lata 1893–1894 przypadła kolejna przebudowa pomieszczeń. W czasie II wojny światowej i blokady Leningradu w zamku działał Szpital Michajłowski. Po 1945 roku w budynku swe siedziby miały różne instytucje radzieckiego państwa. Zamalowywanie i usuwanie bogatych dekoracji spowodowało szereg zniszczeń w zabytkowym wystroju wnętrz.
thumb|250px|right|Pomnik Pawła I na zamkowym dziedzińcu W 1991 roku część pomieszczeń została przekazana Muzeum Rosyjskiemu, w 1995 roku muzeum otrzymało na własność cały Zamek Michajłowski. Rozpoczęto intensywne prace nad renowacją pałacu. Przywrócono oryginalne kolory fasad, które jak się okazało w toku prac nie były intensywnie czerwone, lecz raczej ciemnopomarańczowe. Legenda o rękawiczce Anny Łopuchiny okazała się więc nieprawdziwa. Odkopano też zniszczone kanały oraz odbudowano mosty, oddając okolicy zamku ich wygląd z czasów Pawła I.