Proces Obawiając się linczu sędzia nakazał szeryfowi przetransportowanie więźnia do ośrodka penitencjarnego hrabstwa Jefferson w Louisville. Podczas transportu Bethea przyznał się do zarzucanych mu czynów, żałował także że zapomniał zabrać z miejsca zbrodni pierścienia. Zeznania te potwierdził w więzieniu w obecności dziennikarza Courier-Journal, George’a H. Kopera. 12 czerwca, podczas trzeciego przesłuchania, wskazał miejsce gdzie ukrył skradzioną biżuterię.
Prokurator zdecydował się oskarżyć Betheę tylko o gwałt. Gdyby został skazany za morderstwo i kradzież, groziła mu śmierć na krześle elektrycznym w więzieniu w Eddyville; jednak oskarżenie o gwałt umożliwiało publiczną egzekucję w mieście, w którym dokonano tego czynu. Aby uniknąć dylematu, w jaki sposób powinno się uśmiercić skazańca, prokurator zdecydował oskarżyć go tylko o jeden z popełnionych czynów. Bethea nigdy nie był sądzony za morderstwo, kradzież ani włamanie.