Po przebudzeniu się i półrocznej rehabilitacji główny bohater dostaje zadanie rozwikłania afery związanej z kontrowersyjnymi ulepszeniami ludzkiego ciała. Ponadto pragnie dopaść swoich oprawców i dokonać zemsty.
Zawartość do pobrania Wydano trzy dodatki DLC: Explosive Mission Pack – dodatek, który dołączany jest do gry w edycji The Augmented Edition, oraz Edycji Kolekcjonerskiej. Zawiera: ekskluzywną misję Ratowanie Tonga, miotacz granatów LINEBACKER G-87 MSGL, ładunek wybuchowy ze zdalnym radiowym detonatorem M-28 UR-DED, oraz AUD czyli urządzenie, które przy użyciu mikrofali jest zdolne zneutralizować tradycyjne elektroniczne i cyfrowe zamki poprzez spalenie ich obwodów wiązką energii. Tactical Enhancement Pack – dodatek, który dołączany jest do gry w edycji The Augmented Edition, oraz Edycji Kolekcjonerskiej. Zawiera: Huntsman Silverback Double-Barrel Shotgun, czyli klasyczną dwulufową strzelbę sportową, Longsword Whisperhead Suppressed Extreme Range Sniper, czyli wojskowy karabin snajperski z wbudowanym tłumikiem oraz 10 000 kredytów. Brakujące ogniwo (ang. The Missing Link) – dodatek uzupełnia historię głównego bohatera z podstawowej wersji gry. Rozszerzenie wprowadza także nowych przeciwników i bohaterów niezależnych oraz kilka nowych lokacji.