W 1921 gdy parafia przechodziła pod jurysdykcję Misji PEKM w Polsce, gdański okręg zborowy liczył 341 członków i 14 miejsc kazań, zaś sama parafia gdańska miała 129 członów pełnoprawnych i próbnych oraz 80 dzieci korzystających ze szkółki niedzielnej.
W 1922 roku pierwsza Konferencja Misyjna Południowego Episkopalnego Kościoła Metodystycznego w Polsce i Gdańsku postanowiła o utworzeniu okręgu gdańsko–poznańskiego. Jednak przetrwał on tylko rok. Następna konferencja zawężyła obszar Okręgu do Wolnego Miasta Gdańska i jego okolic ponieważ Gdańsk jako wolne miasto nie należał do Rzeczypospolitej i nie można było łączyć go strukturalnie z resztą kraju. Od 1922 roku zwierzchnikiem okręgu najpierw gdańsko–poznańskiego, a od 1923 samego gdańskiego do roku 1927 został superintendent Jürgen Rasmussen, który równocześnie pełnił obowiązki pastora gdańskiej parafii. W latach 1921–1927 gdańska parafia była największym zborem Misji PEKM w Polsce.
W roku 1927 gdańska parafia ponownie przeszła pod zwierzchnictwo Północnowschodniej Konferencji Niemiec (Nordostdeutsche Konferenz) i należała do okręgu Królewiec. Pastorem gdańskiej parafii w latach 1927–1933 został wówczas Albert Gräßle, a następnie w latach 1933–1945 Erich Steffen.