Jak wspomniano wyżej napęd tego rodzaju jest cichy, gdyż redukuje do minimum urządzenia mechaniczne układu napędowego, z punktu widzenia okrętów podwodnych nie jest jednak pozbawiony wad. Na elektrodach tworzą się bowiem bąble wodoru, które pękając następnie, tworzą sygnaturę akustyczną okrętu. Według naukowców jednak, problem ten jest rozwiązywalny w dalszym rozwoju tej technologii. Także silne pole magnetyczne niezbędne dla działania układu może być wykryte przez samoloty i helikoptery do zwalczania okrętów podwodnych, wyposażone w detektory anomalii magnetycznych (MAD). Jednakże zajmujące się tą tematyką źródła, wskazują na możliwość skutecznego ekranowania. Aktualna wydajność istniejących napędów MHD jest jeszcze niska, i według danych przedstawionych w roku 1988 na londyńskiej konferencji „London Underseas Defense” wynosiła 5%, a nawet mniej, jednakże postęp techniczny w tej dziedzinie jest bardzo szybki. thumb|left|„Yamato I” w ekspozycji Muzeum Morskiego w Kobe w Japonii