Po rozwiązaniu Wojskowej Akademii Politycznej (1990) był dyrektorem Instytutu Pedagogiki Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie (od 1991). Od 2005 do 2006 był rektorem Wyższej Szkoły Bezpieczeństwa w Poznaniu, a od 2006 pracował w Wyższej Szkole Zawodowej „Kadry dla Europy” w Poznaniu i Elbląskiej Uczelni Humanistyczno-Ekonomicznej.
thumb|240px|right|Grób prof. Jana Stanisława Bogusza na cmentarzu Bródnowskim w Warszawie
Zmarł w Warszawie, pochowany 7 maja 2009 na cmentarzu Bródnowskim (kwatera 21E-4-24).
Zainteresowania naukowe Zainteresowania naukowe Jana Bogusza obejmowały głównie problemy związane z dydaktyką wojskową, dotyczyły stosowania metod aktywizujących nauczania żołnierskiego różnych wojsk i służb, a także ujawniania, rozwijania i wykorzystania uzdolnień przydatnych w warunkach wojskowych. Autor ponad 360 prac naukowych, w tym 15 publikacji książkowych z zakresu pedagogiki, pedagogiki specjalnej, dydaktyki i andragogiki oraz systemu i norm życia społecznego młodzieży.