Życiorys Dzieciństwo i młodość mały|Aleksiej Ridigier z rodzicami i babką, lata 40. XX wieku Pochodził z kurlandzkiego rodu szlacheckiego, który w XVIII w. przyjął prawosławie. Bezpośredni przodkowie przyszłego patriarchy żyli w Petersburgu i dopiero w 1917, po rewolucji październikowej, uciekli do Estonii. Ojciec Aleksego II, Michaił Aleksandrowicz Ridigier, ukończył tam gimnazjum, po czym pracował jako robotnik w Haapsalu. Następnie rodzina przeniosła się do Tallinna, gdzie Michał Ridigier został zatrudniony w fabryce jako księgowy, zaś w 1942 przyjął święcenia kapłańskie po ukończeniu kursu teologicznego w Tallinnie. Matka przyszłego hierarchy, Jelena Josifowna z d. Pisariewa, pochodziła z Tallinna i była córką rosyjskiego oficera, pułkownika w wojskach Białych w czasie rosyjskiej wojny domowej, rozstrzelanego przez Czerwonych.
Aleksiej Ridigier urodził się w 1929, trzy lata po ślubie rodziców. Imię otrzymał na cześć Aleksego Człowieka Bożego. Był wychowywany w duchu głęboko religijnym, od dzieciństwa regularnie jeździł na pielgrzymki do prawosławnych klasztorów – Monasteru Piuchtickiego, Pskowsko-Pieczerskiego, na Wałaam. Wyjazdy do ostatniego z wymienionych klasztorów wywarły na nim szczególne wrażenie.