Informacje o współpracy Aleksego II z KGB pojawiły się w 1991, gdy komisja Dumy Państwowej na krótko uzyskała dostęp do archiwów KGB. Rosyjski Kościół Prawosławny określił ujawniony dokument jako fałszywy. Sam patriarcha nie skomentował jego treści.
Biskup Biskup talliński i estoński mały|Piuchticki Monaster Zaśnięcia Matki Bożej. Biskup Aleksy, będąc ordynariuszem eparchii tallińskiej, nie dopuścił do jego zamknięcia, a następnie przyczynił się do wzrostu jego znaczenia jako ośrodka życia zakonnego w ZSRR. 14 sierpnia 1961 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wyznaczył hieromnicha Aleksego (Ridigiera) na biskupa tallińskiego i estońskiego oraz locum tenens eparchii ryskiej. W związku z tym przyszły hierarcha został podniesiony do godności archimandryty. Na jego prośbę chirotonia biskupia nie została przeprowadzona w Moskwie, lecz w Tallinnie, w soborze św. Aleksandra Newskiego. Obrzędowi, który miał miejsce 3 września 1961, przewodniczył arcybiskup jarosławski i rostowski Nikodem.