W 1999 założył własny imprint America’s Best Comics (ABC) w ramach WildStorm Productions (należącego formalnie do DC, co Moore starał się ignorować). W ABC ukazywały się jego autorskie serie: Promethea, Tom Strong, Top 10 i Greyshirt.
W 2010 rozpoczął publikację serii komiksów osadzonych w uniwersum H.P. Lovecrafta, powracając tym samym do wcześniejszego zainteresowania twórczością i światem autora z Providence. Wydawnictwo Avatar Press już wcześniej opublikowało w 2003 zbiór Alan Moore’s Yuggoth Cultures and Other Growths, będący kompilacją niepublikowanych wcześniej scenariuszy, krótkich historii i komiksowych adaptacji wierszy Moore’a inspirowanych prozą Lovecrafta. Następnie ukazała się dwuczęściowa seria The Courtyard, będąca adaptacją krótkiego opowiadania Moore’a utrzymanego w lovecraftowskiej stylistyce.
Pierwszym oryginalnym dziełem Moore’a wydanym przez Avatar Press był horror Neonomicon, miniseria ilustrowana przez Jacena Burrowsa, który współpracował również przy wcześniejszych adaptacjach. Czwarty i zarazem ostatni zeszyt serii ukazał się w styczniu 2011.
W 2014 zapowiedziano dwunastoczęściową serię Providence, ponownie tworzoną wspólnie przez Moore’a i Burrowsa. Komiks stanowi prequel do Neonomiconu i jest interpretacją źródeł mitologii Cthulhu.