Z PPS został jednak usunięty przed Kongresem Zjednoczeniowym PPR i PPS.

5 lutego 1949 został aresztowany, następnie oskarżony w procesie tzw. „Startu” i skazany 21 grudnia 1951 wyrokiem Sądu Wojewódzkiego na 15 lat pozbawienia wolności (pozostałych trzech oskarżonych, Zygmunt Ojrzyński, Witold Pajor, Stanisław Nienałtowski zostało skazanych na kary śmierci, które Pajorowi i Nienałtowskiemu zamieniono na 15 lat więzienia). Został zwolniony z więzienia 14 maja 1956, zaś w marcu 1957 zrehabilitowany. Został także członkiem PZPR. Na początku 1957 został zatrudniony w „Sztandarze Młodych” jako zastępca kierownika działu technicznego. W 1958 został zwerbowany przez wywiad PRL, po tym jak otrzymał korespondencję od znajomego mieszkającego w Niemczech Zachodnich. Od 1963 uczestniczył w inwigilacji nowo utworzonej Misji Handlowej RFN w Warszawie. W 1975 Helmut Schmidt, będący wówczas kanclerzem Niemiec, wykorzystał jego pośrednictwo, aby przekazać prywatny list Edwardowi Gierkowi. To zdarzenie stało się impulsem do wysłania A. Czystowskiego przez wywiad PRL do Niemiec, tak, aby wykorzystać jego znajomości w tamtejszych sferach politycznych. W lutym 1977 został zatrudniony w Polskiej Agencji „Interpress”, w październiku tegoż roku wysłano go jako korespondenta do Kolonii.