Po remoncie kaplicy rozpoczęto prowadzenie w niej nabożeństw, a stanowisko pastora zboru pełnił Jerzy Sacewicz.
Na początku 1946 na wniosek pastora został powołany Komitet Pomocy „Ewangeliczny Samarytanin”, mający na celu wsparcie ludzi pokrzywdzonych w wyniku wojny. Zajmował się on dystrybucją darów od wspólnot chrześcijańskich z krajów Europy Zachodniej, organizował kolonie dla dzieci w celu ich dożywienia, jak również prowadził dom dziecka z siedzibą w Lidzbarku Warmińskim.
W dniach 12–13 sierpnia 1946 w Olsztynie miał miejsce nadzwyczajny zjazd Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych, a w okresie 27–29 czerwca 1947 zorganizowany został XI Ogólnopolski Zjazd Kościoła. W mieście miały miejsce kursy biblijne oraz zajęcia dla zespołów wokalnych i dyrygentów. Wydany tu został „Śpiewnik Kościoła Chrystusowego”, powstał również dział wydawniczo-literacki oraz zajmowano się opracowywaniem materiałów do wydawania książek, broszur i kościelnego miesięcznika „Jedność”.
W 1948 siedziba władz zwierzchnich kościoła została przeniesiona do Warszawy. W momencie tym zbór otaczał opieką duszpasterską około 285 wiernych, z czego 122 ochrzczonych członków.