ostateczny projekt, autorstwa Zdzisława Pidka i Andrzeja Sołygi oraz Wiesława i Jacka Synakiewiczów, wybrano w październiku 1995 roku. Decyzja i formalne pozwolenie na budowę po uzgodnieniu z władzami rosyjskimi wydano 1 czerwca 1999 roku. Prace budowlane wykonały firmy polskie – odbiór nastąpił 9 sierpnia 2000 roku.
Uroczysta inauguracja cmentarza odbyła się 2 września 2000 roku, zaś parę dni wcześniej, 28 sierpnia 2000 roku, został on przekazany dyrekcji rosyjskiego Państwowego Kompleksu Memorialnego „Miednoje”, który na co dzień sprawuje nad nim opiekę. Cmentarz powstał jako trzeci z czterech założonych w latach 2000-2012 roku miejsc pochówku ofiar zbrodni katyńskiej, przy czym pozostałe to Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu (4 421 osób, inauguracja 27 lipca 2000), jedyny o tej nazwie i takim rozszeczonym charakterze Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie (4 302 Polaków i 2 746 obywateli radzieckich, inauguracja 17 czerwca 2000) i Polski Cmentarz Wojenny w Kijowie-Bykowni (3 435 osób, inauguracja 21 września 2012). Na swój cmentarz czekają jeszcze nieodnalezieni katyńczycy z tzw. Białoruskiej Listy Katyńskiej (3 870 osób).