W 1792 roku, jako jeden z najbardziej zasłużonych generałów, został mianowany dowódcą korpusu w armii księcia Brunszwiku i pod Croix-sous-Bois pokonał Francuzów. W bitwie pod Jemappes w Niderlandach 6 listopada dowodził centrum wojsk cesarskich. 18 marca 1793 roku brał udział w bitwie pod Neerwinden, gdzie pobito oddziały Charlesa Dumourieza, odniósł też zwycięstwo pod Aldenhoven i wyzwolił Maastricht. Z kolei w październiku 1793 roku poniósł klęskę pod Wattignies.
W 1794 roku walczył w Flandrii przeciw Jean-Charlesowi Pichegru. Prowadząc jedno ze skrzydeł, walczył 17-18 maja pod Tourcoing. Równocześnie jednak Francuzi Dominique'a Vandamme'a hamowali jego postępy aż do rozbicia aliantów przez Josepha Souhama w innej części pola bitwy. Souham obrócił następnie swoje wojska w stronę Clerfayta i zmusił go do wycofania się z walki. Wkrótce potem zastąpił księcia Jozjasza na stanowisku naczelnego dowódcy, ale nie zdołał przejąć inicjatywy i został zmuszony do wycofania się za Ren.
Od 22 kwietnia 1795 roku feldmarszałek, dowodził oddziałami nad Renem w walce przeciw Jean-Baptiste Jourdanowi. Clerfayt odniósł zwycięstwo pod Höchst i wyzwolił Moguncję. Po zawarciu rozejmu złożył dowodzenie.