Stefan Kazimierz Pieńkowski (ur. 27 sierpnia 1885 w Warszawie, zm. wiosną 1940 w Katyniu) – polski lekarz neurolog i psychiatra, profesor neurologii i psychiatrii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Major rezerwy Wojska Polskiego, ofiara zbrodni katyńskiej.
Życiorys Syn Walentego i Józefy z domu Trapszo. Ukończył Szkołę Realną w Warszawie w 1903 roku i w Złotopolu w guberni chersońskiej uzyskał świadectwo dojrzałości. Studia medyczne odbył na Uniwersytecie Warszawskim, Uniwersytecie Kijowskim i Uniwersytecie Jagiellońskim. Dyplom doktora wszech nauk lekarskich otrzymał w Krakowie w 1911 roku, w tym samym roku otrzymał dyplom lekarza w Kijowie. Od 1912 roku pracował jako asystent w Klinice Neurologiczno-Psychiatrycznej UJ. Podczas I wojny światowej służył jako lekarz wojskowy. Od 1918 jako asystent w klinice Piltza w Krakowie, a od 1924 do 1928 w Szpitalu Ujazdowskim w Warszawie. W roku 1924/25 uzupełniał studia w Paryżu u Guillaina, Babińskiego, Claude’a, Sicarda, Foix, Lapicque’a i Bourguignona. Jako docent neurologii w 1926 uzyskał habilitację na Wydziale Lekarskim UW. Od 1928 wykładał neurologię i psychiatrię na Uniwersytecie Warszawskim. Po śmierci Piltza w 1932 powołany na katedrę neurologii i psychiatrii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Dyrektor Kliniki Neurologiczno-Psychiatrycznej UJ.