Upamiętnienie Dziennik Stefana Pieńkowskiego został opublikowany w ramach książki pt. Pamiętniki znalezione w Katyniu, którą wydał Janusz Zawodny w 1989. W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, w Krakowie został zasadzony Dąb Pamięci honorujący Stefana Pieńkowskiego. Stefanowi Pieńkowskiemu został poświęcony jeden z odcinków filmowego cyklu dokumentalnego pt. Epitafia katyńskie (2010).
Wybrane prace Analiza zaburzeń ruchowych przy nagminnem śpiączkowem zapaleniu mózgu Encephalitis epidemica lethargica. Kasa im. Mianowskiego, 1925 Jamistość rdzenia u dwóch braci bliźniaków: przyczynek kliniczny do patogenezy jamistości rdzenia W: Pamiętnik ku uczczeniu ś. p. prof. dr. med. Antoniego Mikulskiego. Łódź, 1925 Sześć przypadków guzów mózgu. Neurologja Polska 2, 1927 Semiologja ręki w schorzeniach pozapiramidowych. Lekarz Wojskowy, 1929 Patogeneza powstawania objawów histerycznych (w szczególności cielesnych) w psychonerwicach „wojennych” w świetle biologji, 1931 Dusza i jej siedlisko w świetle badań neurologicznych lat ostatnich, 1931 Uwagi ogólne biologiczno-lekarskie w sprawie nowego projektu Ustawy Eugenicznej. Polska Gazeta Lekarska 4, 1936 Dziedziczność i środowisko ze stanowiska lekarskiego.