Ruch Fontanna Herona nie jest perpetuum mobile, jakby się mogło wydawać. Nie jest możliwe nieprzerwane jej działanie, nieprzerwany przepływ cieczy roboczej jest pozorny. Fontanna przestaje pracować kiedy zabraknie wody w zasilającym ją zbiorniku środkowym lub też kiedy skończy się powietrze w zbiorniku dolnym. Fontannę można wprawić w działanie zamieniając miejscami zbiorniki: środkowy i dolny, odpowiednio zamieniając rurki (dobrym rozwiązaniem jest użycie np. litrowych słoików z rurkami umieszczonymi w nakrętkach, wystarczy wtedy podmienić słoiki). Mniej wygodnym rozwiązaniem jest opróżnienie pojemnika dolnego z wody i napełnienie wodą naczynia środkowego, zasilającego fontannę.
Fontanna może tryskać wodą niemal na taką wysokość, z jakiej spada woda ze zbiornika górnego do dolnego. Dla jak najlepszego efektu (maksymalnej wysokości) należy umieścić środkowy zbiornik jak najwyżej, może być nawet wyżej od górnego, zaś dolny dużo niżej od tamtych.