W roku 1950 nastąpiła fala aresztowań. Aresztowani byli przetrzymywani w aresztach i więzieniach (np. w Krośnie w piwnicach przy ul. Portiusa 4 zorganizowano więzienie, w którym przetrzymywano, przesłuchiwano i torturowano m.in. świadków Jehowy). W Nisku aresztowano 14 osób (m.in. 15 sierpnia 1950 roku Służba Bezpieczeństwa w Kolbuszowej pobiła świadka Jehowy, który wskutek obrażeń zmarł 6 dni później).
W województwie rzeszowskim, poza główną akcją aresztowań z czerwca, 5 lipca 1950 roku przeprowadzono następną, podczas której aresztowano kolejnych. Według niepełnych danych na dzień 8 lipca 1950 roku liczba aresztowanych w województwie wynosiła 11 osób. Do 5 sierpnia liczba ta wzrosła do 13 osób, 8 osób zostało zwolnionych, a 6 pozostawało w areszcie. Na koniec 1950 roku spośród około 50 aresztowanych, 5 zostało skazanych na bezwzględne kary pozbawienia wolności.
Od tego roku działalność prowadzona była konspiracyjnie. W następnych dziesięcioleciach – w czasie zakazu działalności – powstały kolejne zbory.
Od lat 50. XX wieku wyznawcy prowadzili konspiracyjne kontakty ze współwyznawcami na Ukrainie, którzy wówczas nadzorowali działalność w całym ZSRR. Ta działalność nosiła kryptonim Erika. Utrzymywano z nimi stałą korespondencję.