Ostatecznie w 2004 roku do siatki połączeń Cape Air dodano Mikronezję.
Flota Od czerwca 2018 przewoźnik nie dysponuje własnymi samolotami.
Porozumienia codeshare JetBlue Airways 14 kwietnia 2007 roku przedstawiciele Cape Air podpisali porozumienie codeshare z liniami JetBlue Airways, na mocy którego Cape Air rozpoczęły przewożenie pasażerów partnera z lotniska w Bostonie na półwysep Cape Cod i otaczające go wyspy. W wyniku porozumienia pomiędzy liniami, pasażerowie mogą kupować miejsca w samolotach obu linii pod jedną rezerwacją. W 2010 roku Ministerstwo Transportu ukarało JetBlue Airways (600 000 dolarów) za pogwałcenie zasad porozumienia codeshare i złamanie amerykańskiej Ustawy o Niepełnosprawnych z 1990 roku.
American Airlines Od 6 kwietnia 2010 roku w wyniku podpisania porozumienia codeshare z American Airlines linie rozpoczęły przewożenie pasażerów linii ogólnokrajowej na trasach pomiędzy Saint Louis w stanie Missouri, a Quincy i Marion w stanie Illinois, oraz Cape Girardeau, Kirksville i Fort Leonard Wood w stanie Missouri.