Na mocy II pokoju toruńskiego (1466) miasto weszło w skład Prus Zakonnych, jako lenno Królestwa Polskiego, a po sekularyzacji w 1525 okręgu górnopruskiego Prus Książęcych w obrębie starostwa Pasłęk.
Po pożarze z 1547, w l. 1547-1553 odbudowano dzisiejszy kościół św. Piotra Apostoła, rozbudowany w kolejnych dziesięcioleciach. W 1625 wskutek epidemii dżumy zmarło ok. 10% populacji miasta. W 1773 r. król pruski ulokował w Młynarach 52 Pułk Fizylierów wojska pruskiego. W latach 1856–1857 wzniesiono nowy kościół katolicki, a w 1864 zainstalowano oświetlenie uliczne. W 1871 spłonął młynarski ratusz. W 1945 miasto wraz z południową częścią Prus Wschodnich zostało przyłączone do Polski, ale w konsekwencji zniszczeń sięgających 80% utraciło wówczas prawa miejskie, które odzyskało dopiero w 1984 r. Początkowo należało administracyjnie do okręgu mazurskiego, następnie od 1946 r. weszło w skład województwa olsztyńskiego, a w latach 1975–1998 należało do województwa elbląskiego.
Demografia Dane z 31 grudnia 2017 roku. OpisOgółemKobietyMężczyźnijednostkaosób%osób%osób%populacja1 78210089850,488449,6gęstość zaludnienia (mieszk./km²)645325320 Według danych z 30 czerwca 2012 miasto miało 1859 mieszkańców.
thumb|center|Piramida wieku mieszkańców Młynar w 2014 roku