Mimo że zamówienie zostało złożone, Hughes wiedział, że nigdy nie weźmie samolotów. Około roku później utracił kontrolę nad Trans World Airlines, a żadna z zamówionych przez niego maszyn nie została zbudowana. Całe zamówienie zostało anulowane w styczniu 1962 roku. Płatności na rzecz zamówionych 990, dokonane przez Toolco, przekroczyły o 7 milionów dolarów wartość czterech 880, a transakcja nie została zaakceptowana przez Hughesa. Za porozumieniem Convair dostarczył do Toolco zamówione cztery 880, 1,5 miliona dolarów w gotówce oraz obietnicę dostarczenia kolejnych 2 milionów. 3,5 miliona różnicy przepadło na rzecz opłaty za anulowanie zamówienia.
Loty testowe Pierwsze sześć maszyn Convair 990 zostały zaangażowane do lotów testowych i certyfikacyjnych. W przypadku tego modelu - nie istniał prototyp, tak jak w przypadku 880. Pierwszy lot odbył się 24 stycznia 1961 roku, mimo że Scandinavian Airlines System i Swissair planowały wprowadzić maszyny dopiero we wrześniu. Również linie KLM i Trans Canada Airlines wykazały zainteresowanie nową maszyną, zamówienie ze strony holenderskiego przewoźnika miało mieć miejsce w marcu.