Loty testowe przedłużały się do lata 1961 roku, w sierpniu przedstawiciele Convair przewidywali dalsze straty finansowe.
Powrót do negocjacji thumb|Convair 990A należący do Swissair Po pierwszych lotach testowych stało się jasne, że Convair 990 nie sprosta oczekiwaniom linii lotniczych i podpisanym kontraktom, szczególnie w zakresie prędkości i zasięgu lotu maszyny. Nie była ona zdolna latać pomiędzy wybrzeżami Stanów Zjednoczonych, nawet przy zredukowanej prędkości. Dalsze modyfikacje pociągnęłyby za sobą dodatkowe koszty przedsięwzięcia i opóźnienia w dostawach. Przedstawiciele Convair zwrócili się do American Airlines o przyjęcie maszyn bez dalszych zmian i oczekiwanie na rozwiązanie problemów w późniejszym czasie. Przewoźnik mógł w tym momencie anulować całe zamówienie, czego skutkiem byłoby zakończenie programu Convair 990. Takie rozwiązanie mogło być korzystniejsze dla General Dynamics, gdyż spółka nie była w stanie przewidzieć dalszych możliwych kosztów związanych z 990. Jednak American Airlines, nie mając wielu innych opcji dostaw, 21 września 1961 roku podpisały kolejne porozumienie z Convair. Na mocy umowy liczba samolotów została zredukowana z 25 do 20. 15 z nich, niezmodyfikowanych i zaakceptowanych warunkowo, mieli otrzymać za cenę obniżoną o 300 000 dolarów za sztukę, nie później niż do 30 czerwca 1962 roku.