Karierę trenerską Arias rozpoczął w 1998 roku w Necaxie. W debiutanckim sezonie Verano 1998, wywalczył wicemistrzostwo Meksyku, natomiast już pół roku później sięgnął z Necaxą po tytuł mistrzowski. Inne sukcesy odniesione przez Ariasa w ciągu 7–letniej pracy w Necaxie to drugie wicemistrzostwo (Verano 2002) oraz zwycięstwo w Pucharze Mistrzów CONCACAF (1999). Ponadto w 2000 roku doszedł do półfinału Klubowych Mistrzostw Świata, w meczu o trzecie miejsce pokonując po rzutach karnych hiszpański Real Madryt.
Latem 2005 Arias objął drużynę San Luis FC, z którą wywalczył największy sukces w historii klubu – tytuł wicemistrzowski w sezonie Clausura 2006. Wiosną 2009 Arias ponownie został szkoleniowcem Necaxy, z którą jednak spadł do drugiej ligi meksykańskiej. W tym samym roku zanotował także krótki epizod w najbardziej utytułowanym zespole w swojej ojczyźnie – Chivas de Guadalajara. W sierpniu 2011 zastąpił José Luisa Sáncheza Solę na stanowisku trenera klubu Tecos UAG z siedzibą w mieście Guadalajara.