Pod koniec życia stan umysłowy króla coraz bardziej się pogarszał i prowadził do represji politycznych wobec przeciwników, w tym do zamordowania członków rodziny Sture w maju 1567 r.Svante Sture oraz jego synów Nilsa i Eryka. Za zbrodnię tę król wypłacił znaczne odszkodowanie wdowie po Nilsie Sture, które przekazała ona zbuntowanym książętom (Janowi i Karolowi Wazom) na walkę z monarchą, doprowadzając do jego obalenia (H. Kahnt, Das grosse Münzlexikon von A bis Z, Regenstauf 2005, s. 54). W 1568 roku Eryk został usunięty z tronu i uwięziony przez Jana, który przejął władzę.
Zmarł w więzieniu, prawdopodobnie otruty arszenikiem. Dokument podpisany przez Jana III i Bengta Gylta dawał strażnikom pilnującym Eryka prawo do jego otrucia, jeżeli ktokolwiek podejmowałby próbę jego uwolnienia. Późniejsze analizy jego zwłok wykazały obecność trucizny. Pochowany w katedrze w VästeråsGunnar Ekström, Västerås domkyrka i bild, Västerås, 1980, s. 62.
Eryk przed wstąpieniem w związek małżeński był w kilku nieformalnych związkach. Z Agdą Persdotter miał trzy córki: Virginię Eriksdotter (1559–1633) Konstancję Eriksdotter (1560–1649) Lukrecję Eriksdotter (1564–1574)
Z Kariną Jacobsdotter: prawdopodobnie nieślubny syn (zm. ok.