Okręt nie okazał się udany, gdyż był zbyt lekko zbudowany, co w połączeniu z płytkim kadłubem powodowało spore wyginanie się końców kadłuba. Żeby temu zaradzić, kadłub musiał być usztywniony przez napięte cięgła, prowadzone po pokładzie nadbudówki, a pokład był wzmacniany płaskownikami z żelaza w miejscu pęknięć nad maszynami. Pancerz kazamaty, a zwłaszcza jego sosnowy podkład, okazał się wrażliwy na przebicia. Również warunki bytowania załogi, na jedynym pokładzie w kadłubie, były mało wygodne (określany jako „mały, niewygodny i źle wentylowany”). Dobudowana nadbudówka nieco poprawiła komfort odpoczynku załogi w sytuacjach poza walką.
Służba „Chillicothe” został wcielony do służby 5 września 1862 roku w Jeffersonville (według innych źródeł, 3 grudnia 1862 roku). Wszedł w skład Zachodniej Flotylli Kanonierek, która w tym czasie przeszła pod jurysdykcję Marynarki USA. Z powodu konieczności napraw i przeróbek oraz niskiego stanu wody w rzece Ohio, dopiero na początku stycznia 1863 roku dołączył do flotylli w Cairo. Od grudnia 1862 roku do września 1863 roku dowódcą był komandor podporucznik (Lt Cdr) James P. Foster.