Powierzchnia hrabstwa wynosi 1 440 km², z czego 1 430 km² stanowi ląd, a 11 km² (0,7%) – wodawww2.census.gov/geo/docs/maps-data/data/gazetteer/counties_list_42.txt. Przez miasto Duncannon przebiega Szlak Appalachów. Hrabstwo stanowi również północny kraniec szlaku Tuscarora.
Hrabstwo Perry charakteryzuje klimat kontynentalny wilgotny z gorącym latem (Dfa). Do najczęściej występujących gatunków drzew należą klon czerwony, sosna wirginijska, dąb, sosna wejmutka, choina kanadyjska, brzoza, orzesznik oraz jałowiec. Dość powszechne są również platan amerykański, grab żelazny, klon cukrowy, orzech czarny, wiąz, olsza, czereśnia czarna, robinia akacjowa i sassafras. Liczne gatunki mchów występują na powalonych pniach, wzdłuż strumieni, na pniach drzew oraz w szczelinach chodników, zwłaszcza w miejscach zacienionych. Paprocie są również powszechne wzdłuż cieków wodnych i w lasach hrabstwa.
Ludność Biuro Zarządzania i Budżetu Stanów Zjednoczonych (Office of Management and Budget) zalicza hrabstwo Perry do obszaru statystycznego metropolitalnego Harrisburg–Carlisle (Harrisburg–Carlisle, PA Metropolitan Statistical Area, MSA). Według spisu powszechnego z 2010 roku obszar ten zajmował 6. miejsce pod względem liczby ludności w stanie Pensylwania oraz 96.