W 2000 został awansowany na dyrektora Kwatery Głównej ds. mediów i informacji, ale zarazem przestał osobiście prowadzić konferencje prasowe. W 2003 otrzymał rangę Deputy Assistant Secretary General, co jest czwartym najwyższym cywilnym stopniem urzędniczym w Kwaterze Głównej, po sekretarzu generalnym NATO, jego pierwszym zastępcy i pozostałych zastępcach. Posiada tę rangę do dzisiaj. W latach 2003–2005 zajmował się kwestiami stosunków zewnętrznych w Pionie Dyplomacji Publicznej Kwatery Głównej. Następnie, w latach 2005-2010, był dyrektorem ds. planowania politycznego. Od 2010 kieruje pracami Kwatery Głównej, związanymi z nowymi zagrożeniami dla bezpieczeństwa (emerging security challenges).
Praca na uczelniach Shea jest profesorem w Kolegium Europejskim, przy czym prowadzone przez niego zajęcia odbywają się zwykle w kampusie w Brugii. Ponadto jest dyrektorem ośrodka zamiejscowego w Brukseli, należącego do American University w Waszyngtonie. Jest również dyrektorem zamiejscowej Szkoły Letniej w Brukseli, prowadzonej przez inną amerykańską uczelnię, Michigan State University.