Już siedem lat po otwarciu szkoły arcybiskup Leoncjusz zdecydował o wzniesieniu nowej siedziby seminarium. Grunt pod budowę (działka o powierzchni 6,5 ha) wykupiono w 1882 od mieszczan Kiwińskiego i Skibińskiego oraz rodziny Czaplińców. Prace budowlane zakończono we wrześniu 1890. W seminarium mieszkało i kształciło się 300 alumnów, którzy mieli następnie działać na terytorium ziemi chełmskiej i uczestniczyć w umacnianiu prawosławia w regionie, co było zarazem elementem akcji rusyfikacyjnej prowadzonej przez carat. Budynek seminarium był obiektem nowoczesnym: zainstalowano w nim kanalizację, wodę bieżącą i centralne ogrzewanie. Wychowankowie szkoły zamieszkiwali na trzecim piętrze, drugie zajmowały sale lekcyjne i biblioteka, pierwsze zaś aula i gabinet rektora. W tylnej części obiektu zlokalizowano kaplicę św. Leoncjusza.
Kształcenie w chełmskim seminarium trwało sześć lat. Do 1882 w kadrze pedagogicznej szkoły dominowali duchowni przybyli przed 1875 z Galicji, byli unici, którzy przyjęli prawosławie w czasie likwidacji diecezji chełmskiej.