Eskadra rzeczna Missisipi (ang. Mississippi River Squadron) – eskadra rzeczna Unii, podczas wojny secesyjnej, prowadząca operacje wojskowe podczas tzw. kampanii na Missisipi oraz będąca częścią Armii Unii, następnie Marynarki Wojennej Unii. Wcześniej znana jako Western Gunboat Flotilla (Zachodnia Flotylla Kanonierek) oraz Mississippi Flotilla (Flotylla Missisipi).
Historia 16 maja 1861 roku komandor John Rodgers dostał zadanie utworzenia eskadry jako flotylli rzecznej. Nakazał on zakup trzech drewnianych parowców: Tyler, Lexington oraz Conestoga. Wzięły one udział w bitwie pod Belmont. Gdy do eskadry dołączyły kanonierki pancerne wzięła ona udział m.in. w bitwie o Fort Henry i bitwie o Fort Donelson, a wraz z Amerykańską Flotą Taranowców (United States Ram Fleet), w Bitwie pod Memphis. 1 października 1862 flotylla została przeniesiona w skład Marynarki Wojennej Unii, jako Eskadra Missisipi. Kolejno eskadra wzięła udział w Bitwie o Fort Hindman i w zwycięskiej batalii stoczonej w pod Vicksburgiem.