Ludność ziemi chełmskiej stopniowo przyjmowała unię.
W 1824 diecezja chełmska była jedyną unicką administraturą na terytorium Królestwa Polskiego i liczyła 288 parafii. Od 1830 podlegała bezpośrednio Stolicy Apostolskiej, nie zaś greckokatolickiej metropolii lwowskiej. Było to efektem zabiegów carskiej dyplomacji.
Ogólny kierunek polityki kolejnych carów wobec żyjących w Imperium Rosyjskim unitów był nieprzychylny. Wyznawców katolicyzmu w obrządku wschodnim traktowano jak prawosławnych, którzy pod przymusem przyjęli jurysdykcję papieża i będą w przyszłości skłonni do jej porzucenia. Szeroko zakrojona działalność na rzecz nawracania unitów na prawosławie została podjęta na ziemiach białoruskich i litewskich już za rządów Katarzyny II. Po przerwie w latach panowania Pawła I i Aleksandra I walkę z unią na nowo podjął car Mikołaj I. Administracyjną likwidację Kościoła unickiego poprzedziła długofalowa kampania upodabniania obrzędów unickich do prawosławnych koordynowana przez biskupa litewskiego Józefa Siemaszkę. W 1839 na synodzie w Połocku ogłoszono zniesienie unii na Litwie i Białorusi. W tych okolicznościach diecezja chełmska stała się jedyną administraturą Kościoła unickiego w Rosji. thumb|Wnętrze unickiej cerkwi św. Dymitra w Czerniejowie przed 1871. Wyposażenie świątyni nosi wyraźne cechy latynizacji, widoczny jest np.