Ks. Marceli Popiel nadal działał na rzecz sprowadzania kolejnych kapłanów z Galicji; osobiście wystawiał dla nich zaproszenia. Dokument taki ułatwiał im uzyskanie wiz rosyjskich i przekroczenie granicy. Jako administrator diecezji otwarcie przystąpił do przygotowywania masowej konwersji unitów chełmskich na prawosławie. W kwietniu 1871 wydał okólnik nakazujący eliminację elementów pochodzenia łacińskiego z liturgii unickiej. W grudniu nakazał natomiast obowiązkowe obchodzenie wspomnień św. Mikołaja, św. Jana Teologa oraz św. Jana Chrzciciela przy równoczesnym pominięciu świąt św. Jozafata, Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny oraz Bożego Ciała. Jego rozporządzenia, w zestawieniu z antyunicką polityką gubernatora siedleckiego Stiepana Gromieki, wywołały niepokój wśród części unitów, przyczyniając się do wybuchu rozruchów w parafiach na Podlasiu. W związku z tym w czerwcu 1872 car Aleksander II polecił oberprokuratorowi Świątobliwego Synodu Rządzącego powołanie specjalnego Komitetu Nadzwyczajnego do Spraw Diecezji Chełmskiej, który miał skoordynować działania organów świeckich i kościelnych w regionie. Jednym z jego członków został ks. Popiel. Komitet sporządził instrukcję dotyczącą środków karnych wobec opornych parafii.