Latem 1999 Engin İpekoğlu wrócił do Fenerbahçe. Występował w nim przez jeden sezon. W 2000 roku zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1982/83 Sakaryaspor
Süper Lig ? 0 1983/84 Sakaryaspor
Süper Lig ? 0 1984/85 Sakaryaspor
Süper Lig ? 0 1985/86 Sakaryaspor
Süper Lig ? 0 1986/87 Sakaryaspor
1. Lig ? 0 1987/88 Sakaryaspor
Süper Lig ? 0 1988/89 Sakaryaspor
Süper Lig ? 0 1989/90 Beşiktaş JK
Süper Lig 34 0 1990/91 Beşiktaş JK
Süper Lig 29 0 1991/92 Fenerbahçe SK
Süper Lig 28 0 1992/93 Fenerbahçe SK
Süper Lig 22 0 1993/94 Fenerbahçe SK
Süper Lig 30 0 1994/95 Fenerbahçe SK
Süper Lig 25 0 1995/96 Fenerbahçe SK
Süper Lig 6 0 1996/97 Çanakkale Dardanelspor
Süper Lig 31 0 1997/98 Çanakkale Dardanelspor
Süper Lig 33 0 1998/99 Çanakkale Dardanelspor
Süper Lig 33 0 1999/00 Fenerbahçe SK
Süper Lig 7 0
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Turcji Engin İpekoğlu zadebiutował 29 marca 1989 roku w wygranym 1:0 towarzyskim spotkaniu z Grecją. W swojej karierze grał w eliminacjach do MŚ 1990, Euro 92, MŚ 1994, Euro 96, MŚ 1998 i Euro 2000. Od 1989 do 1999 roku rozegrał w kadrze narodowej 32 mecze.