Wspólnie z Birknerem opracował plan przejęcia archiwum Delegatury Rządu i AK prowadzonego przez znanego osobiście Hrynkiewiczowi Wacława Kupeckiego ps. „Kruk” przy ul. Poznańskiej 37 w Warszawie. Archiwum to zostało przejęte 17 lutego 1944 przez Hrynkiewicza, dwóch żołnierzy Gwardii Ludowej – Wincentego Romanowskiego „Romana” i Jerzego Wiechockiego „Stefana” oraz osobę, będącą prawdopodobnie gestapowcem. Według relacji Wacława Iwaszkiewicza, podczas akcji zatrzymano kilka innych osób. Hrynkiewicz zebrał dokumenty z archiwum Wydziału Bezpieczeństwa Departamentu Spraw Wewnętrznych Delegatury Rządu. Hrynkiewicz przekazał zdobyte dokumenty Marianowi Spychalskiemu.
Od wiosny 1944 ponownie działał na rzecz wywiadu sowieckiego. W styczniu 1945 został ciężko ranny i musiano mu amputować lewą nogę. Leczył się w Pierwszym Komunistycznym Szpitalu Wojskowym w Moskwie. Do Polski wrócił na początku wrześniu 1945. 7 stycznia 1946 został aresztowany przez NKWD pod zarzutem współpracy z gestapo. 30 października 1946 został skazany na 5 lat więzienia. W październiku 1948, na polecenie Bolesława Bieruta, został przeniesiony do więzienia w Polsce. Tam Hrynkiewiczem zainteresowało się Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego. W Polsce został oskarżony o zdradę i prowokację w kierownictwie Polskiej Partii Robotniczej.