Próby odtworzenia eparchii W 1621 patriarcha jerozolimski Teofan III wyświęcił na biskupa chełmskiego przełożonego monasteru św. Mikołaja w Mielcach Paisjusza (Czerkawskiego). Hierarcha ten nie miał jednak praktycznie możliwości pełnienia swoich obowiązków, gdyż struktury eparchii pozostawały pod kontrolą unitów. W 1633 wycofał się do monasteru św. Onufrego w Jabłecznej i przebywał w nim, jako przełożony wspólnoty, do końca życiaKs. S. Żeleźniakowicz: Istorija Jabłoczinskogo Swiato-Onufrijewskogo Monastyria. T. I. Warszawa: Warszawska Metropolia Prawosławna, 2006, s. 131. .. W 1650 król Jan Kazimierz potwierdził legalność funkcjonowania prawosławnej eparchii chełmskiej. Na mocy królewskiego uniwersału metropolita kijowski Sylwester wyświęcił na biskupa chełmskiego Dionizego (Bałabana).
W zmienionej sytuacji politycznej w Rzeczypospolitej, po bitwie pod Beresteczkiem, Jan Kazimierz wycofał swoją zgodę na funkcjonowanie prawosławnego biskupstwa chełmskiego i ponownie przekazał je unitom. Kolejne parafie i klasztory przyjmowały unię w ciągu XVII i XVIII stulecia. Wyjątkiem był klasztor św. Onufrego w Jabłecznej, który nigdy nie wystąpił z Kościoła prawosławnego.