2 lata później udało im się sprawić inną niespodziankę pokonując reprezentację Nowej Zelandii 11-5.
W 1987 roku Harlequins znaleźli się wśród drużyn założycielskich angielskiej ligi.
W 2001 roku pokonali w finale Europejskiego Pucharu Challenge RC Narbonne (byli pierwszą brytyjską ekipą która zdobyła to trofeum), kiedy powtórzyli ten wyczyn w 2004 roku stali się pierwszym zespołem, który zdobył to trofeum dwukrotnie. Po tym sukcesie w roku 2005 spadli z najwyższej ligi rozgrywkowej, powrócili do niej po wygraniu 25 z 26 spotkań w niższej lidze już w następnym sezonie.
W 2006 zespół rugby league London Broncos zmienił nazwę na Harlequins Rugby League i występował na Twickenham Stoop do 2012 roku. Po tym czasie klub wrócił do swojej oryginalnej nazwy i zmienił stadion.
W 2009 roku klub był sprawcą skandalu Bloodgate. W trakcie ćwierćfinału Pucharu Heinekena przeciwko Leinster Rugby 12 kwietnia 2009 skrzydłowy Tom Williams upozorował uraz i rozgryzł kapsułkę ze sztuczną krwią aby na boisko mógł wejść łącznik ataku Nick Evans wykorzystując tzw. krwawą zmianę.