Inżynier Witkowski założył kolegialne kierownictwo organizacji i wydał wyrok śmierci na Wincentego Mischke za zdradę organizacji. Wyrok nie został wykonany, bo sam Witkowski został skazany wyrokiem Wojskowego Sądu Specjalnego Armii Krajowej, na śmierć za zabójstwo dwóch podchorążych i zastrzelony 18 września 1942.

Po przemianowaniu Związku Walki Zbrojnej na Armię Krajową od 1942 roku został przydzielony do Wydziału Wywiadu Piechoty Komendy Głównej AK. Z dniem 11 listopada 1943 roku mianowany podpułkownikiem służby stałej piechoty. Od kwietnia 1944 roku pełnił funkcję inspektora KG AK do spraw wyszkolenia. W ramach akcji „Burza” był przewidywany na stanowisko dowódcy 25 Dywizji Piechoty AK w skład, której miały wejść odtwarzane 29 pp, 56 pp i 60 pp. Latem 1944 prowadził działania organizacyjne, ale ostatecznie nie doszło do sformowania 25 DP AK. Akcja „Burza” została anulowana i Wincenty Mischke został powołany na stanowisko Inspektora KG AK na podregion Piotrków Tryb. (dowództwo regionu mieściło się w Łodzi lecz granicą Reichu łączność z nim była zerwana). Po wkroczeniu Rosjan do Piotrkowa Trybunalskiego Wincenty Mischke uzyskał wiadomość ze swych źródeł wywiadowczych, że jest poszukiwany przez NKWD. Uciekł z Piotrkowa i piechotą przeprawił się pod Warszawę.