Powrót do Hondy (1996) Będąc aktualnym mistrzem świata Fogarty powrócił do motocykl Hondy. Był to mniej udany sezon dla Brytyjczyka, który pomimo czterech zwycięstw (w tym dwóch w holenderskim Assen), w klasyfikacji generalnej znalazł się dopiero na 4. miejscu (na drugiej był jego partner Aaron Slight, który wygrał tylko w jednym wyścigu). Głównym problemem Carla był brak konsekwencji zdobywania punktów.
mały|250px|Carl Fogarty na motocyklu Ducati w WSBK.
Ponowna współpraca z Ducati (1997−2000) Po roku przerwy, Carl powrócił do obozu Ducati. Brytyjczyk zwyciężył w sześciu wyścigach, jednak ostatecznie musiał uznać wyższość byłego zawodnika MMŚ – Amerykanina Johna Kocinskiego.
W sezonie 1998 Fogarty wrócił na tron, po zaciętym pojedynku ze Slightem oraz Troyem Corserem (wyprzedził ich o zaledwie 4,5 punktu). W trakcie rywalizajcji „Foggy” uzyskał jednak zaledwie trzy zwycięstwa.
W roku 1999 Carl w wielkim stylu obronił tytuł mistrzowski, po zwyciężeniu w jedenastu wyścigach (czterokrotnie wygrał w „Superpole”). Po raz pierwszy w karierze uzyskał pulę ponad czterystu punktów. Triumf w pierwszym wyścigu na Hockenheimringu był jednak ostatnią wygraną w karierze Brytyjczyka.