Lata 2005−2006 z nowymi zawodnikami (Australijczycy Gary McCoy, Steve Martin oraz Brytyjczyk Craig Jones, który zastąpił w kolejnym sezonie McCoya) okazały się kompletnie nieudany, przez niekonkurencyjne motocykle Petronas. Pod koniec sezonu 2006 koncern wycofał się z mistrzostw, pozostawiając zespół bez wsparcia. Carl próbował nawiązać współpracę z Ducati, ale w wyniku braku sponsorów nie doszło do porozumienia z bolońską stajnią. Brytyjczyk podpisał kontrakt z MV Augusta na sezon 2008, jednak ostatecznie zespół po licznych problemach nie przystąpił do mistrzostw. Ostatecznie Fogarty sprzedał swoją ekipę
500 cm³ W 1990 roku Fogarty zadebiutował w MMŚ, w zastępstwie Włocha Pierfrancesco Chili. Na motocyklu Hondy Carl wziął udział w czterech rundach, spośród których trzykrotnie dojechał do mety w czołowej dziesiątce. Najlepiej spisał się podczas GP Szwecji, w którym zajął szóste miejsce.