Rok 1989 był ostatnim dla Magee'ego w pełnym wymiarze (pauzował z powodu kontuzji podczas GP Hiszpanii i Narodów). Ponownie w klasyfikacji końcowej zajął 5. lokatę, będąc wielokrotnie w czołowej piątce. Podczas GP USA był zaangażowany w poważny wypadek Bubba Shoberta, który w efekcie musiał zakończyć karierę.
Sezon 1990 Australijczyk rozpoczął dobrze, od czwartego miejsca w GP Japonii. Runda w USA okazała jednak, tak jak w przypadku Shoberta, bardzo nieszczęśliwa dla Kevina, który doznał urazu głowy i nie wziął udziału w pozostałej części sezonu.
Wypadek ten zahamował karierę Magee'ego, który w mistrzostwach świata pojawił się zaledwie trzykrotnie. Najlepiej spisał się podczas GP Malezji, gdzie uplasował się na piątej pozycji. Ostatnim wyścigiem w karierze Australijczyka było GP Japonii w 1993 roku. W tej eliminacji wystartował w zespole Nihontelecom RT Yamaha.
WSBK W latach 1991-1992 Magee brał udział w mistrzostwach World Superbike. Dosiadając motocykl Yamahy, dwukrotnie zwyciężył, w pierwszym wyścigu, na torze Phillip Island. W klasyfikacji generalnej znalazł się odpowiednio na 14. i 12. pozycji.
Przed zakończeniem kariery Kevin w 1994 bez sukcesu startował w amerykańskim cyklu Superbike.