1 grudnia 2011, w dniu zaprzysiężenia Atambajewa, ponownie przejął obowiązki szefa rządu.
23 grudnia 2011 został wybrany przez parlament na urząd premiera Kirgistanu. Uzyskał poparcie ze strony 113 spośród 120 deputowanych. Stanął na czele nowej koalicji złożonej z Socjaldemokratycznej Partii Kirgistanu, Respubliki, Ar Namys oraz Ata Meken.
22 sierpnia 2012 koalicja rządowa uległa rozpadowi. Jej szeregi opuściły partie Ar Namys i Ata Meken, oskarżające premiera o nieradzenie się ze złą sytuacją gospodarczą w kraju i walką z korupcją. Bezpośrednim powodem kryzysu wewnątrz koalicji było oskarżenie premiera o przyjęcie łapówki od zagranicznego biznesmena w postaci zakupu ogiera po znacznie zaniżonej cenie. Babanow zaprzeczył oskarżeniom, stwierdzając, że nabył konia w pełni legalnie po jego rynkowej cenie. 27 sierpnia 2012 prezydent Atambajew powierzył misję sformowania nowego rządu Socjaldemokratycznej Partii Kirgistanu. Wobec zarysowującej się nowej koalicji bez udziału Respubliki, premier Babanow 1 września 2012 zrezygnował ze stanowiska szefa rządu, a obowiązki premiera przejął wicepremier Aały Karaszew. 3 września 2012 Socjaldemokratyczna Partia Kirgistanu zawarła porozumienie koalicyjne z partiami Ar Namys i Ata Meken.