Sytuacja zmieniła się w połowie stulecia, a zwłaszcza po wybuchu wojny moskiewskiej w roku 1654. Decydujące dla przyszłości miasta starcie (1655) miało miejsce w polu; po porażce wojska litewskie wycofały się na zachód, oddając Wilno bez walki. Również zajęcie miasta z powrotem przez wojska Rzeczypospolitej (1660) odbyło się po uprzedniej ewakuacji załogi moskiewskiejKonrad Bobiatyński, Od Smoleńska do Wilna. Wojna Rzeczypospolitej z Moskwą 1654-1655, Zabrze 2004, , s. 211..
Kolejny raz Wilno przeszło z rąk do rok w roku 1702, kiedy skapitulowało bez oporu przed wojskami szwedzkimi. Pierwszy w swojej historii test bojowy fortyfikacje przeszły kilka tygodni potem, kiedy armia litewska usiłowała odbić miasto; szwedzka załoga odparła atak, a sama opuściła miasto zagrożona przez armię rosyjską w roku 1708. W czasie Insurekcji Kościuszkowskiej w kwietniu 1794 powstańcy pod wodzą Jakuba Jasińskiego zajęli miasto od wewnątrzIzabella Rusinowa, Przebieg Powstania Kościuszkowskiego na Wołyniu i Litwie w 1794 roku, [w:] Studia i Materiały Centralnej Biblioteki Wojskowej im. Marszałka Józefa Piłsudskiego 15 (2001), s. 24–25.. Armia rosyjska rozpoczęła próbę zdobycia miasta w lipcu tego roku, kiedy mury miejskie po raz drugi w historii stały się przedmiotem walk. Trwały one ok. 3 tygodnie; w sierpniu insurgenci skapitulowali po dwukrotnym ataku RosjanRusinowa 2001, s. 32..