Pod jego kierunkiem zajmował się enzymologią oraz fizjologią replikacji bakteryjnego DNA.

Za namową Williama Wicknera, który u Kornberga odbywał staż podoktorancki, po doktoracie zdecydował się na badania błon biologicznych. Bill Wickner poznał go także z przyszłą żoną – Nancy. By zdobyć doświadczenie w dziedzinie biologii błon biologicznych, wyjechał na staż podoktorancki na University of California w San Diego, gdzie pracował w grupie Jonathana Singera. Pod jego kierunkiem badał różnice w endocytozie w erytrocytach ludzi dorosłych i noworodków. Po stażu rozpoczął własne badania, jako niezależny badacz i biorąc pod uwagę swoją wcześniejszą pracę z mikroorganizmami, zdecydował się na drożdże S. cerevisiae, jako organizm modelowy.

Początki samodzielnej grupy Schekmana nie były zbyt udane: odrzucono jego podanie o pierwszy grant badawczy (z braku wyników oraz udokumentowanego doświadczenia z drożdżami), kłopot sprawiała także praca z drożdżami, co po części było wynikiem małego doświadczenia Schekmana z tym organizmem. Schekman planował za pomocą różnych związków chemicznych zatrzymać proces sekrecji (wydzielania) w drożdżach, by później móc badać jego intermediaty, co się nie powiodło. W związku z tym spróbował podejścia genetycznego, szukając mutantów, które warunkowo zatrzymywały sekrecję.