W 1851 okrążyła świat po raz drugi. Tym razem udała się przez Anglię do Południowej Afryki, następnie na Archipelag Malajski, Wyspy Sundajskie i Moluki. Jako jedna z pierwszych opisała lud Bataków. Dalsza trasa wiodła przez Australię, Kalifornię, Oregon, Peru, Ekwador, Nową Granadę i ponownie na północ, nad Wielkie Jeziora. Do Wiednia powróciła w 1854. Książka z opisem podróży, Meine zweite Weltreise, ukazała się w 1856 roku.
W 1857 roku udała się na Madagaskar, gdzie została życzliwie przyjęta przez królową Ranavalonę I, później jednakże uwikłała się w udział w spisku mającym na celu obalenie władzy Ranavalony. Królowa dowiedziała się o spisku – biorący w nim udział Europejczycy uniknęli śmierci dzięki wstawiennictwu księcia, późniejszego króla Radamy II, jednak zostali wydaleni z kraju w lipcu 1857.
Podczas pobytu na Madagaskarze Ida Pfeiffer podupadła na zdrowiu, którego nigdy już w pełni nie odzyskała. Zmarła w Wiedniu w 1858 roku, prawdopodobnie na raka lub malarię. Ostatnia książka, Reise nach Madagascar, została wydana w 1861 roku. Dołączono do niej biografię Idy napisaną przez jej syna.