Jednocześnie na mocy tego zarządzenia został utworzony Warmińsko-Mazurski Oddział Straży Granicznej w Koszalinie według etatu nr 44/014 o stanie osobowym 306 funkcjonariuszy i 17 pracowników urzędów państwowych. Oddział przejął ochronę kaliningradzki odcinek granicy państwowej z Federacją RosyjskąDo 25 grudnia 1991, ochraniał granicę państwową ze Związkiem Radzieckim. o długości 198 km 697 m.
Zarządzeniem Komendanta Głównego SG Nr 6/91, w kwietniu 1991 z Podlasko-Mazurskiej Brygady WOP do Warmińsko–Mazurskiego Oddziału SG Kętrzynie przekazano strażnice w miejscowościach Węgorzewo, Banie Mazurskie i Gołdap, a z Kaszubskiej Brygady WOP włączono strażnice w miejscowościach: Braniewo, Górowo Iławeckie, Bartoszyce i Barciany.
Decyzją nr 26 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 10 września 1992 nadano Warmińsko-Mazurskiemu Oddziałowi Straży Granicznej w Kętrzynie sztandarObwieszczenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 25 kwietnia 2024 r.