W pierwszej rundzie pokonał Francuza Gregory'ego Bouchelaghema, a w ćwierćfinale i półfinale poddał Japończyków Ryō Chōnana oraz Kazuo Misakiego. W walce z tym ostatnim Brazylijczyk doznał jednak kontuzji kolana, z powodu której musiał wycofać się z pojedynku finałowego z Denisem Kangiem. Zastąpił go w nim Misaki, który wygrał później cały turniej.
W 2007 roku Filho, uznawany ówcześnie obok Andersona Silvy za najlepszego zawodnika na świecie w swojej kategorii wagowej, przeszedł do amerykańskiej organizacji World Extreme Cagefighting. 5 sierpnia 2007 roku zmierzył się w Las Vegas z Joem Doerksenem o wakujące mistrzostwo WEC w wadze średniej (84 kg). Pokonał Kanadyjczyka przez techniczny nokaut w 1. rundzie. Cztery miesiące później bronił tytułu przeciwko Chaelowi Sonnenowi. Walka zakończyła się w 2. rundzie, gdy Filho założył Amerykaninowi dźwignię na staw łokciowy. Mimo że Sonnen się nie poddał, sędzia zdecydował się przerwać walkę, co część komentatorów uznało za kontrowersyjne. Władze WEC zarządziły zatem rewanż. Pierwotnie miał się on odbyć w marcu 2008 roku. Walka została jednak przełożona, gdyż okazało się, że Filho jest uzależniony od leków antydepresyjnych i poddał się kuracji odwykowej. Ostatecznie obaj zawodnicy zmierzyli się po raz drugi 5 listopada 2008 roku w Hollywood na Florydzie.