Wykresy Sankeya są stosowane do prezentacji przepływów masy i energii w ekologii, będącej (zgodnie z koncepcją Eugene Oduma, 1913–2002), nauką o strukturze i działaniu systemu nazywanego „przyrodą ożywioną”. Strumienie masy i energii przepływają między wyodrębnionymi układami biotycznymi i ich otoczeniem nieożywionym lub między różnymi układami biotycznymi. Zależnie od obszaru wykonywanych badań ekologicznych (np. autekologia, populacjologia, synekologia) bloki na wykresach mogą oznaczać, m.in.: pojedyncze organizmy, wymieniające masę i energię z otoczeniem, populacje, współistniejące z innymi populacjami w ekosystemie, biocenozy, znajdujące się w stanie dynamicznej równowagi z ich otoczeniem, organizmy, występujące w określonym ekosystemie, biotopie lub na Ziemi, charakteryzujące się jednakowym mechanizmem pobierania energii – należące do zespołów, które pełnią funkcje różnych ogniw łańcucha pokarmowego i znajdują się na różnych piętrach piramid ekologicznych, np. producenci, roślinożercy (konsumenci I stopnia), mięsożercy (konsumenci II stopnia i wyższych), reducenci (destruenci, detrytusożercy), wyodrębnione elementy biosfery, np.