Od 8 sierpnia 1945 do czerwca 1946 komendant Oficerskiej Szkoły Broni Pancernej w Modlinie. Od kwietnia do grudnia 1946 zastępca ds. liniowych dowódcy Okręgu Wojskowego Nr I w Warszawie. Od grudnia 1946 do marca 1949 główny inspektor broni pancernej WP.

Był przewodniczącym Wojewódzkiego Komitetu Bezpieczeństwa w WarszawieBohdan Urbankowski, Czerwona msza czyli uśmiech Stalina, t. I, Warszawa 1998, s. 631.. W marcu 1949 roku powrócił do ZSRR i do maja 1950 studiował w Akademii Sztabu Generalnego. Był członkiem Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego.

Jan Mierzycan był żonaty z Serafiną Wiekliczewą. Mieli trzy córki i syna.

Zmarł w 1950 roku w Moskwie. Przyczyny śmierci w młodym wieku nieustalone, być może odnowiły się rany po postrzale z wojny zimowej. Został pochowany na Cmentarzu Nowodziewiczym.

thumb|Tablica upamiętniająca Jana Mierzycana przy drodze jego imienia łączącej Ryczywół ze Studziankami Pancernymi

Awanse major – grudzień 1941 podpułkownik – kwiecień 1942 pułkownik – 1943 generał brygady – 18 marca 1944 (po oddelegowaniu do ZSRR, w marcu 1949, generał major)