Działał w Związku Narodu Rosyjskiego, był honorowym przewodniczącym jego oddziału w Tomsku i współinicjatorem wydawania pisma monarchistyczno-nacjonalistycznego Tomskij wiestnik.
W 1912 został mianowany metropolitą moskiewskim i kołomieńskim, co wiązało się z honorowym zwierzchnictwem nad Ławrą Troicko-Siergijewską oraz ze stałym członkostwem w Świątobliwym Synodzie Rządzącym.
W marcu 1917 został przeniesiony w stan spoczynku przez zjazd duchowieństwa eparchii. Bezskutecznie protestował przeciwko tej decyzji, nakładając przy tym suspensę na wszystkich uczestników eparchialnego zjazdu duchowieństwa oraz na kapłanów służących w moskiewskich parafiach. Miejscem pobytu hierarchy był odtąd monaster św. Mikołaja na Ugrieszy. W 1920 Makary (Niewski) otrzymał od patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Tichona honorowy tytuł metropolity ałtajskiego. Przebywając w odosobnieniu, usiłował organizować ruch na rzecz obrony Cerkwi przed prześladowaniami ze strony bolszewików, jak również uwolnienia rodziny carskiej. Z tego powodu na krótko trafił do aresztu Czeka.
Zmarł w 1926 po kilkuletniej chorobie. Został pochowany w pobliżu monasteru, w którym spędził ostatnie lata życia.