W nieznanym czasie została przeniesiona do kościoła Świętych Janów – miejskiej fary. Według hipotezy wysuniętej przez Janinę Kruszelnicką Piękna Madonna została przeniesiona z pofranciszkańskiego kościoła Panny Marii, który w 1559 roku przeszedł na własność ewangelików. Według innego przypuszczenia Madonnę przeniesiono z kaplicy zburzonego zamku krzyżackiego. Prawdopodobnie rzeźba nie trafiła do katedry św. Janów w wyniku sprzedaży.
Piękna Madonna w źródłach po raz pierwszy została wspomniana w 1650 roku, . Pod koniec XVII wieku rzeźba została przeniesiona do ołtarza Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, a w XIX wieku na ołtarz św. Franciszka Ksawerego w nawie południowej.
W 1921 roku Jan Rutkowski poddał rzeźbę zabiegom konserwatorskim usuwając kolejne przemalowania, pozostawiając jednak ślady średniowiecznej polichromii. W 1939 roku rzeźbę zdjęto w celu przeprowadzenia kolejnej konserwacji. W 1941 roku niemieccy konserwatorzy ponownie odnowili rzeźbę, uzupełniając ubytki. W 1944 roku zdjęto posąg z konsoli i zdeponowano do składnicy konserwatorskiej w Grębocinie. W obawie przed zbliżającą się Armią Czerwoną figura została stamtąd wywieziona do Niemiec, gdzie ślad po niej zaginął.