Reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją, reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkryptazą, RT-PCR (od ang. reverse-transcription polymerase chain reaction lub reverse-transcriptase polymerase chain reaction) – reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR), w której pierwszy etap jest przeprowadzany przez odwrotną transkryptazę, a jako matryca służy cząsteczka RNA.
Przebieg Pierwszym krokiem w reakcji RT-PCR jest przeprowadzenie reakcji odwrotnej transkrypcji próbki zawierającej RNA do cDNA. Stosuje się dwa rodzaje odwrotnych transkryptaz: pochodzącą z wirusa AMV (ang. avian myeloblastosis virus) lub z wirusa MMLV (ang. Moloney murine leukaemia virus). Do reakcji odwrotnej transkrypcji można użyć trzech rodzajów starterów: swoistych dla danej sekwencji o przypadkowej sekwencji starterów zawierających na końcach dużą liczbę tymin.
Przebieg reakcji po otrzymaniu cDNA jest analogiczny do PCR, w której próbki zawierają DNA. Stosuje się polimerazę Taq.
Gdy cząsteczka RNA zawiera dużo struktur drugorzędowych, możliwe jest użycie polimerazy Tth (one-enzyme/one-tube system), która ma aktywność polimerazy DNA oraz odwrotnej transkryptazy, lecz nie ma aktywności rybonukleazy H.