Pierwszy prototyp Bf 162V1 (D-AIXA) oblatany został późną wiosną 1937 roku na lotnisku fabrycznym Augsburg-Haunstetten. We wrześniu tego samego roku ukończony został drugi prototyp Bf 162V2 (rejestracja D-AOBE). Jednakże testy w locie wykazały niezadowalające osiągi Bf 162. Prędkość maksymalna wynosiła tylko 480 km/h na wysokości 3400 m, a prędkość przelotowa na tej samej wysokości – 425 km/h. Z uwagi na to decydenci z RLM polecili Willemu Messerschmittowi skoncentrować swoje wysiłki na rozwoju samolotów myśliwskich, a dalsze prace nad Bf 162 miały zostać zakończone. Mimo tego ukończony został jeszcze trzeci prototyp Bf 162V3 (D-AOVI) oblatany 20 sierpnia 1938 roku.
W późniejszych latach wszystkie trzy prototypy były wykorzystywane w roli maszyn doświadczalnych. Przykładowo Bf 162V3 służył do prób zdalnie sterowanych stanowisk broni pokładowej, które miały zostać zastosowane w samolotach Me 210. W prasie niemieckiej ukazywały się od czasu do czasu liczne zdjęcia Bf 162 oznaczanego nazwą Jaguar, który opisywano jako nowy szybki bombowiec znajdujący się na wyposażeniu Luftwaffe. Wszystko to służyło wprowadzeniu zamieszania wśród aliantów.